Анализ геномного разнообразия SARS-Cov-2 и эпидемиологических признаков адаптации возбудителя COVID-19 к человеческой популяции (Сообщение 1)

ПРЕПРИНТ

Эта статья является препринтом и не была отрецензирована.
О результатах, изложенных в препринтах, не следует сообщать в СМИ как о проверенной информации.

Краснов Я. М.

2020-07-27

https://doi.org/10.21055/preprints-3111751

Вспышка COVID-19 началась в середине декабря 2019 года в городе Ухань (Китай) и быстро переросла в пандемию, которая продолжается и в настоящее время. В этом исследовании мы проанализировали информацию о 7947 полных геномах вируса SARS-CoV-2 опубликованную в базе GISAID, для изучения эволюции генома вируса при адаптации к организму человека за последние шесть месяцев. Проведен филогенетический анализ и оценка изменений в исследуемых вирусных геномах, которые могут быть разделены на четыре основных кластера. Ключевое направление эволюции генома вируса SARS-CoV-2 сопряжено с появлением единичной мутации в гене S (D614G). Установлено, что распространение штаммов с G мутацией ассоциировано не только с ростом заболеваемости, но и со снижением летальности в мире. Наблюдаемое увеличение потенциала распространения на фоне признаков снижения вирулентности, вероятно, является основной формой адаптации нового коронавируса к человеческой популяции и, по-видимому, будет продолжаться в дальнейшем в виде интеграции SARS-CoV-2 в структуру сезонных возбудителей ОРВИ.

Ссылка для цитирования:

Краснов Я. М. 2020. Анализ геномного разнообразия SARS-Cov-2 и эпидемиологических признаков адаптации возбудителя COVID-19 к человеческой популяции (Сообщение 1). COVID19-PREPRINTS.MICROBE.RU. https://doi.org/10.21055/preprints-3111751

Список литературы

1. Cui J., Li F., Shi Z.L. Origin and evolution of pathogenic coronaviruses. Nature Reviews Microbiology. 2019; 17(3):181–192. DOI: 10.1038/s41579-018-0118-9.

2. Wu F., Zhao S., Yu B., Chen Y.M., Wang W., Song Z.G., Hu Y., Tao Z.W., Tian J.H., Pei Y.Y., Yuan M.L., Zhang Y.L., Dai F.H., Liu Y., Wang Q.M., Zheng J.J., Xu L., Holmes E.C., Zhang Y.Z. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature. 2020a; 579(7798):265–269. DOI: 10.1038/s41586-020-2008-3.

3. Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, Si HR, Zhu Y, Li B, Huang CL, Chen HD, Chen J, Luo Y, Guo H, Jiang RD, Liu MQ, Chen Y, Shen XR, Wang X, Zheng XS, Zhao K, Chen QJ, Deng F, Liu LL, Yan B, Zhan FX, Wang YY, Xiao GF, Shi ZL A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020; 579(7798):270–273. DOI: 10.1038/s41586-020-2012-7.

4. Lu R.J., Zhao X., Li J., Niu P.H., Yang B., Wu H.L., Wang W.L., Song H., Huang B.Y., Zhu N., Bi Y.H., Ma X.J., Zhan F.X., Wang L., Hu T., Zhou H., Hu Z.H., Zhou W.M., Zhao L., Chen J., Meng Y., Wang J., Lin Y., Yuan J.Y., Xie Z.H., Ma J.M., Liu W.J., Wang D.Y., Xu W.B., Holmes E.C., Gao G.F., Wu G.Z., Chen W.J., Shi W.F., Tan W.J. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. The Lancet. 2020b; 395(10224):565–574. DOI: 10.1016/S0140-6736(20)30251-8.

5. Wrapp D., Wang N., Corbett K.S., Goldsmith J.A., Hsieh C.-L., Abiona O., Graham, B.S., McLellan J.S. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. Science. 2020; 367:1260.

6. Chen W.H., Hotez P.J., and Bottazzi M.E. Potential for developing a SARS-CoV receptor-binding domain (RBD) recombinant protein as a heterologous human vaccine against coronavirus infectious disease (COVID)-19. Hum Vaccin Immunother. 2020; 1–4.

7. Walls A.C., Park Y.-J., Tortorici M.A., Wall A., McGuire A.T., and Veesler D. Structure, Function, and Antigenicity of the SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein. Cell. 2020; 181:281–292.e286.

8. Pachetti M., Marini B., Benedetti F., Giudici F., Mauro E., Storici P., Masciovecchio C., Angeletti S., Ciccozzi M., Gallo R.C. et al. Emerging SARS-CoV-2 mutation hot spots include a novel RNA-dependent-RNA polymerase variant. Journal of Translational Medicine. 2020; 18: 179.

9. Korber B., Fischer W.M., Gnanakaran S., Yoon H., Theiler J., Abfalterer W., at all. Spike mutation pipeline reveals the emergence of a more transmissible form of SARS-CoV-2. bioRxiv. DOI: 10.1101/2020.04.29.069054.

10. Ashour H.M., Elkhatib W.F., Rahman Md.M. and Elshabrawy H.A. Insights into the Recent 2019 Novel Coronavirus (SARS-CoV-2) in Light of Past Human Coronavirus Outbreaks. Pathogens. 2020; 9:186. DOI: 10.3390/pathogens9030186.

11. Mousavizadeh L., Ghasemi S. Genotype and phenotype of COVID-19: Their roles in pathogenesis. Journal of Microbiology, Immunology and Infection. DOI: 10.1016/j.jmii.2020.03.022.

12. Benvenuto D., Giovanetti M., Salemi M., Prosperi M., De Flora C., Alcantara L.C.J., Angeletti S., Ciccozzi M. The global spread of 2019-nCoV: a molecular evolutionary analysis, Pathogens and Global Health. 114(2):64–67. DOI: 10.1080/20477724.2020.1725339.

13. Zhao Z., Li H., Wu X. et al. Moderate mutation rate in the SARS coronavirus genome and its implications. BMC Evol Biol. 2004; 4:21 . DOI: 10.1186/1471-2148-4-21.

ПРЕПРИНТ

ИНФОРМАЦИЯ О ПРЕПРИНТЕ