SARS-COV-2 В ГВИНЕЙСКОЙ РЕСПУБЛИКЕ: ФРАГМЕНТАРНОЕ И ПОЛНОГЕНОМНОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ.

ПРЕПРИНТ

Эта статья является препринтом и не была отрецензирована.
О результатах, изложенных в препринтах, не следует сообщать в СМИ как о проверенной информации.

Крицкий А. А.,

Краснов Я. М.,

Кейта М. ,

Кейта С. ,

Федоров А. В.,

Шевцова А. П.,

Гусева Н. П.,

Казорина Е. В.,

Соседова Е. А.,

Катышев А. Д.,

Нарышкина Е. А.,

Коломоец Е. В.,

Щербакова С. А.,

Попова А. Ю.,

Кутырев В. В.

2021-07-14

https://doi.org/10.21055/preprints-3111962

При помощи фрагментарного (S ген) и полногеномного секвенирования 14 изолятов SARS-CoV-2 циркулировавших на территории Гвинейской Республики в мае и июне 2020 года, а также в марте 2021 года показана их генетическая разнородность. Анализ нуклеотидных последовательностей и филогенетические построения позволяют разделить исследованные штаммы на 3 группы. Сопоставление полученных данных с уже имеющимися эпидемиологическими данными доказывает первоначальный завоз COVID19 из стран Западной Европы, а также демонстрирует четыре независимых пути завоза в два временных периода (март 2020 года и не позднее марта 2021 года).

Ссылка для цитирования:

Крицкий А. А., Краснов Я. М., Кейта М. , Кейта С. , Федоров А. В., Шевцова А. П., Гусева Н. П., Казорина Е. В., Соседова Е. А., Катышев А. Д., Нарышкина Е. А., Коломоец Е. В., Щербакова С. А., Попова А. Ю., Кутырев В. В. 2021. SARS-COV-2 В ГВИНЕЙСКОЙ РЕСПУБЛИКЕ: ФРАГМЕНТАРНОЕ И ПОЛНОГЕНОМНОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ. COVID19-PREPRINTS.MICROBE.RU. https://doi.org/10.21055/preprints-3111962

Список литературы

1. Online ресурс https://www.worldometers.info/coronavirus/

2. A. Rambaut, E. C. Holmes, Á. O’Toole, V. Hill, J. T. McCrone, C. Ruis, L. du Plessis & O. G. Pybus. A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. Nat Microbiol 5, 1403–1407 (2020). https://doi.org/10.1038/s41564-020-0770-5

3. T. Li, T. Huang, C. Guo, A. Wang, X. Shi, X. Mo, et al. Genomic variation, origin tracing, and vaccine development of SARS-CoV-2: A systematic review. Innovation (N Y). 2021 May 28; 2(2):100116. doi: 10.1016/j.xinn.2021.100116

4. W.T. Harvey, A.M. Carabelli, B. Jackson, R.K. Gupta, E.C. Thomson, E.M. Harrison, et al. SARS-CoV-2 variants, spike mutations and immune escape. Nat Rev Microbiol. 2021 Jun 1;1-16. doi: 10.1038/s41579-021-00573-0

5. S.B. Kadam, G.S. Sukhramani, P. Bishnoi, A. A. Pable, V.T. Barvkar. SARS-CoV-2, the pandemic coronavirus: Molecular and structural insights. J Basic Microbiol. 2021 Mar; 61(3):180-202. doi: 10.1002/jobm.202000537

6. D.J. Benton, A.G. Wrobel, C. Roustan, A. Borg, P. Xu, S.R. Martin et al. The effect of the D614G substitution on the structure of the spike glycoprotein of SARS-CoV-2. Proc Natl Acad Sci U S A. 2021 Mar 2; 118(9):e2022586118. doi: 10.1073/pnas.2022586118

7. P. Majumdar, S. Niyogi. SARS-CoV-2 mutations: the biological trackway towards viral fitness. Epidemiol Infect. 2021 Apr 30; 149:e110. doi: 10.1017/S0950268821001060

8. Qianqian L., Jiajing W., Jianhui N., et al. The Impact of Mutations in SARS-CoV-2 Spike on Viral Infectivity and Antigenicity. Cell, 2020, 182, P. 1284-1294.e9, https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.07.012

9. Laffeber C., Koning K., Kanaar R., Lebbink J.H.G. Experimental Evidence for Enhanced Receptor Binding by Rapidly Spreading SARS-CoV-2 Variants. Journal of Molecular Biology. 2021, 433, 167058, https://doi.org/10.1016/j.jmb.2021.167058

10. Онлайн ресурс ВОЗ https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/

11. E. Volz, V. Hill, J. T. McCrone, A. Price, D. Jorgensen, Á. O'Toole et al. Evaluating the Effects of SARS-CoV-2 Spike Mutation D614G on Transmissibility and Pathogenicity. Cell. 2021 Jan 7; 184(1):64-75.e11. doi: 10.1016/j.cell.2020.11.020

12. N.G. Davies, S. Abbott, R.C. Barnard, C.I. Jarvis, A.J. Kucharski, J. D. Munday et al. Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England. Science. 2021 Apr 9; 372(6538):eabg3055. doi: 10.1126/science.abg3055

13. B. Zhou, T.T.N. Thao, D. Hoffmann, A. Taddeo, N. Ebert, F. Labroussaa et al. SARS-CoV-2 spike D614G change enhances replication and transmission. Nature. 2021 Apr; 592(7852):122-127. doi: 10.1038/s41586-021-03361-1

14. S.B. Hudson, V. Kolte, A. Khan, G. Sharma. Dynamic tracking of variant frequencies depicts the evolution of mutation sites amongst SARS-CoV-2 genomes from India. J Med Virol. 2021 Apr; 93(4):2534-2537. doi: 10.1002/jmv.26756

15. M. Shey, J. C. Okeibunor, A. A. Yahaya, B. L. Herring, O. Tomori, S. O. Coulibaly, et al. Genome sequencing and the diagnosis of novel coronavirus (SARS-COV-2) in Africa: how far are we? Pan Afr Med J. 2020 Jun 9; 36:80. doi: 10.11604/pamj.2020.36.80.23723

16. A. Otu, E. Agogo, B. Ebenso. Africa needs more genome sequencing to tackle new variants of SARS-CoV-2. Nat Med. 2021 May; 27(5):744-745. doi: 10.1038/s41591-021-01327-4

17. Россия - Гвинея: итоги и перспективы сотрудничества в области обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения / под ред. д-ра мед. наук, проф. А.Ю. Поповой, акад. РАН, д-ра мед. наук, проф. В.В. Кутырева. – Саратов: Амирит, 2020. – 272 с.

18. Р. Лама, С. Кейта, А.А. Крицкий, Е.В. Коломоец , В.К. Коному, Я.Ю. Ицков. Противоэпидемические мероприятия в Гвинейской Республике при борьбе с COVID-19 в 2020 году. Материалы Международной научно-практической конференции по вопросам противодействия новой коронавирусной инфекции и другим инфекционным заболеваниям / под ред. д-ра мед. наук, проф. А.Ю. Поповой, акад. РАН, д-ра мед. наук, проф. В.В. Кутырева. – Саратов: Амирит, 2020. с 130 - 132

19. Plan Nationale De Preparation et De Riposte Contre L’Epidemie de Coronavirus (CoVid-19). Fevrier 2020, Conakry, Guinee.

20. Rapport de Situation. Sitrep №415. 27/05/2021. ANSS. Guinea, Conakry.

21. А.А. Крицкий, Е.В. Коломоец, К. Соу, С.А. Яковлев, В.К. Коному, Я.Ю. Ицков, и др. Трансмиссия коронавирусной инфекции в супрефектуре Киндия (Гвинея) в период с марта по август 2020 года. Материалы Международной научно-практической конференции по вопросам противодействия новой коронавирусной инфекции и другим инфекционным заболеваниям / под ред. д-ра мед. наук, проф. А.Ю. Поповой, акад. РАН, д-ра мед. наук, проф. В.В. Кутырева. – Саратов: Амирит, 2020. с 114 - 116.

ПРЕПРИНТ

ИНФОРМАЦИЯ О ПРЕПРИНТЕ