Генетическое разнообразие вируса SARS-CoV-2: Орловская область, декабрь, 2020 г

ПРЕПРИНТ

Эта статья является препринтом и не была отрецензирована.
О результатах, изложенных в препринтах, не следует сообщать в СМИ как о проверенной информации.

Водопьянов А. С.,

Писанов Р. В.,

Подойницына О. А.,

Кузнецова Д. А.,

Водопьянов С. О.,

Чемисова О. С.,

Румянцев А. П.,

Полякова Е. В.,

Фролова И. Н.,

Махова Т. В.,

Носков А. К.

2021-05-19

https://doi.org/10.21055/preprints-3111943

Распространение новой коронавирусной инфекции в субъектах Российской Федерации обусловлено последовательным вовлечением в эпидемический процесс различных групп восприимчивого местного населения с отличающимся иммунным статусом и, как следствие, сопровождается генетической изменчивостью вируса SARS-Cov-2, что в свою очередь может привести к формированию новых штаммов возбудителя. Стабилизация уровня заболеваемости населения и наметившаяся тенденция к ее снижению на фоне масштабных противоэпидемических (профилактических) мероприятий, в т.ч. прививочной кампании свидетельствует о необходимости изучения генетической вариабельности S-белка вируса SARS-Cov-2 являющегося основным компонентом вакцин в отдельно взятом субъекте Российской Федерации. В связи с этим, цель работы состояла в сравнительном анализе геномного разнообразия и полиморфизмов S-белка возбудителя COVID-19 циркулирующего на территории Орловской области. Исследовано 100 образцов биологического материала от больных COVID-19 зарегистрированных в Орловской области. Секвенирование проводили на приборе MiSeq (Illumina, США), сборка геномов осуществлялась путем выравнивания на референсную последовательность уханьского варианта вируса SARS-Cov-2. Установлено, что на территории Орловской области циркулируют штаммы возбудителя COVID-19 принадлежащие к ветви «B.1.1». Доминирующим вариантом для Орловской области является вариант B.1.1.130. В 54,1 % случаев в изученных образцах выявлен полиморфизм E484K Spike-белка, с которым ряд исследователей связывают уклонение от иммунного ответа макрорганизма.

Ссылка для цитирования:

Водопьянов А. С., Писанов Р. В., Подойницына О. А., Кузнецова Д. А., Водопьянов С. О., Чемисова О. С., Румянцев А. П., Полякова Е. В., Фролова И. Н., Махова Т. В., Носков А. К. 2021. Генетическое разнообразие вируса SARS-CoV-2: Орловская область, декабрь, 2020 г. COVID19-PREPRINTS.MICROBE.RU. https://doi.org/10.21055/preprints-3111943

Список литературы

1. Сперанская А.С., Каптелова В.В., Самойлов А.Е., и др. Генетическая вариабельность SARS-CoV-2 в биологических образцах от пациентов г. Москвы // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2020; 97(6): 511–517. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-2020-97-6-1

2. Каптелова В.В., Сперанская А.С., Самойлов А.Е., и др. Мутации в геномах SARS-CoV-2 биологических образцов, полученных в конце марта- начале апреля от пациентов города Москвы. // Молекулярная диагностика и биобезопасность – 2020. Всероссийская научно-практическая конференция с международным участием (6–8 октября 2020 года): сборник материалов DOI: htps://doi.org/10.36233/978-5-9900432-9-9-147

3. Косырева А.Н., Бакштановская И.В., Степанова Т.Ф., и др. Результаты выявления SARS-CoV-2 и других возбудителей внебольничных пневмоний методом ПЦР в Тюменской области в апреле-июле 2020 г. DOI: htps://doi.org/10.36233/978-5-9900432-9-9-153

4. Nagy Á, Pongor S, Győrffy B. Different mutations in SARS-CoV-2 associate with severe and mild outcome. Int J Antimicrob Agents. 2021; 57(2):106272. doi:10.1016/j.ijantimicag.2020.106272

5. Walls A, Park Y, Tortorici M, et al. Structure, Function, and Antigenicity of the SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein Cell. 2020 Apr 16; 181(2):281-292.e6. doi: 10.1016/j.cell.2020.02.058.

6. Jangra S, Ye C, Rathnasinghe R, Stadlbauer D, Krammer F, Simon V, Martinez-Sobrido L, Garcia-Sastre A, Schotsaert M. The E484K mutation in the SARS-CoV-2 spike protein reduces but does not abolish neutralizing activity of human convalescent and post-vaccination sera. medRxiv. 2021 Jan 29:2021.01.26.21250543. doi: 10.1101/2021.01.26.21250543. PMID: 33532796; PMCID: PMC7852247.

7. Liu Z., Zheng H., Lin H. Identification of Common Deletions in the Spike Protein of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2. J Virol. 2020 Aug 17; 94(17):e00790-20. doi: 10.1128/JVI.00790-20.

8. Li, H. Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences. Bioinformatics, 2018. 34:3094-3100. doi:10.1093/bioinformatics/bty191

9. Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, et al. The Sequence alignment/map (SAM) format and SAMtools, Bioinformatics, 2009 25(16) 2078-9

10. Grubaugh, N.D., Gangavarapu, K., Quick, et al. An amplicon-based sequencing framework for accurately measuring intrahost virus diversity using PrimalSeq and iVar. Genome Biol 20, 8 (2019). https://doi.org/10.1186/s13059-018-1618-7

11. Elbe S., Buckland-Merrett G. Data, disease and diplomacy: GISAID’s innovative contribution to global health. GlobalChallenges, 2017 1:33-46 DOI:10.1002/gch2.1018

12. Itokawa K, Sekizuka T, Hashino M, et al. Disentangling primer interaction simproves SARS-CoV-2 genome sequencing by multiplextiling PCR. PLoS ONE 15(9) 2020: e0239403. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0239403

13. Tyson JR, James P, Stoddart D, Sparks N, et al. Improvements to the ARTIC multiplex PCR method for SARS-CoV-2 genome sequencing using nanopore. bioRxiv [Preprint]. 2020 Sep 4:2020.09.04.283077. doi: 10.1101/2020.09.04.283077

14. Указ Президента Российской Федерации от 1 декабря 2016 г. N 642 Стратегия научно-технологического развития Российской Федерации (Собрание законодательства Российской Федерации, 2016, N 49, ст. 6887).

15. Краснов Я.М., Попова А.Ю., Сафронов В.А., и др. Анализ геномного разнообразия SARS-CoV-2 и эпидемиологических признаков адаптации возбудителя COVID-19 к человеческой популяции (Сообщение 1) // Проблемы особо опасных инфекций. 2020;(3):70-82. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-3-70-82

16. Якимова А.О., Чеботарёва И.В., Кирюшина Д.Ю., и др. Изменчивость SARS-CoV-2 как фактор потери контроля над распространением коронавирусной инфекции. DOI: htps://doi.org/10.36233/978-5-9900432-9-9-192

ПРЕПРИНТ

ИНФОРМАЦИЯ О ПРЕПРИНТЕ